Engagé sur le Tour de Suisse, Louison Bobet abandonne sur chute dans l’avant-dernière étape. Leader désigné de son équipe Stella, il se lance dans une échappée avec son coéquipier Marcel Dussault lors de la 4e étape et endosse le maillot jaune tandis qu’il lui laisse la victoire d’étape. Sur les Boucles de la Seine, il enregistre son premier abandon de la saison. L’année suivante, Louison Bobet réalise un début de saison moyen, avec une fracture de la clavicule sur Paris-Roubaix, une 35e place au Critérium national et des résultats peu remarqués sur les autres courses. Les Nadeshiko retrouvent encore une fois les États-Unis en finale de la compétition au BC Place Stadium le 5 juillet ; cette finale offre moins de suspense que les précédentes car les américaines maîtrisent beaucoup mieux le ballon et inscrivent déjà 4 buts après seulement 15 minutes de jeu. À Saint-Étienne, Raphaël Géminiani s’impose devant Kübler alors que Bobet, relégué à plus de cinq minutes, perd sa deuxième place au classement général au profit de Stan Ockers. Maillot tricolore sur les épaules, Bobet est bien placé au classement général au pied des Pyrénées. Les favoris cèdent un à un dans les différentes ascensions qui jalonnent les derniers kilomètres de la course, si bien que Bobet et Barbotin se présentent ensemble sur la ligne d’arrivée.
En effet, alors que le sien casse dans le col d’Allos, Maurice Archambaud n’a que le vélo de rechange de Jean Robic à lui proposer, maillot de foot 20€ bien plus petit que celui de Bobet. Le Néerlandais Robert Gesink, victime d’une chute, arrive avec plus de 9 minutes de retard, en compagnie de son coéquipier Grischa Niermann. Seul en tête, il faiblit tandis que Kübler refait peu à peu son retard, jusqu’à le dépasser dans la traversée de Bourg-Argental. Au début de l’année 1950, il remporte le Grand Prix de l’Écho d’Alger devant son coéquipier André Mahé. Au début de l’année 1951, les dirigeants de Stella refusent d’aligner Louison Bobet et Pierre Barbotin sur Milan-San Remo. Sixième de Milan-San Remo, il se lance dans plusieurs attaques sur Paris-Roubaix et Paris-Tours, mais en vain, et doit se contenter de places d’honneur. Bobet abandonne sa tunique dès le lendemain au profit du coureur belge Roger Lambrecht, mais la retrouve à Biarritz, au terme de la sixième étape, qu’il remporte. Sur le Tour du Piémont et le Tour de Lombardie, des problèmes mécaniques lui ôtent ses chances alors qu’il semble en mesure de disputer la victoire.
Malgré ses résultats décevants, le nouveau directeur de l’équipe de France Georges Cuvelier lui fait confiance en vue du Tour de France 1949. Dès les premières étapes, Bobet perd du temps. L’équipe de France est divisée et Bobet ne reçoit ni le soutien de ses équipiers, qui le jugent trop inexpérimenté et trop fragile, ni de son directeur sportif, qui ne croit pas en ses chances de victoire. Après le bref intérim assuré par l’entraîneur de la réserve Franck Triqueneaux, le président nomme Marc Collat, qui sort de deux années comme directeur du centre de formation du Paris SG. Raymond Le Bert, leur masseur, fait jouer ses relations et les deux hommes sont engagés par la formation Bottecchia pour disputer la classique italienne. Des Pyrénées aux Alpes, Bobet souffre : son corps est recouvert de furoncles et les attaques incessantes de Gino Bartali, vainqueur des deux étapes pyrénéennes, et Lambrecht mettent en péril son maillot jaune.
Invité dans une émission de France Bleu Loire Océan et questionné sur son choix international entre la France et le Maroc, Imrân Louza déclare : « Ce n’est pas simple. Pour autant, sa condition n’est pas optimale. Cette rentrée de Battiston n’est pas loin d’être décisive. Cependant, la forte concentration de spectateurs le long des routes où passent de nombreux véhicules n’est pas sans danger : plusieurs enfants ont été percutés par des véhicules ces dernières années. Il ne s’est pas suffisamment économisé. Sur le premier logo du Clermont Foot (1990-2004), le trait qui coupe le ballon sur un rayon est censé symboliser le « C », première lettre de Clermont-Ferrand, ville où est basé le Clermont Foot Auvergne. Les Bleus qualifiés pour la Coupe du monde 1982 et l’Euro 1984 feront un stage de préparation dans les Pyrénées, dans la station de Font-Romeu pour profiter de l’altitude et des équipements sportifs et de remise en forme.